日本的大学院的硕士和博士课程的学费相对本科课程的学费要更加便宜一些，特别是在私立大学院里。当然，学费也会因为国立、公立和私立的不同而不同。
　　国立大学和公立大学的学费采用统一的标准，国立大学的入学金（仅第一年支付）是28.2万日元，学费（每年支付）是53.6万日元；公立大学的入学金是37.5万日元，学费是53.6万日元。
　　私立大学则可以自己根据专业和学校运营情况自行设定学费，私立大学一般入学金在15—25万日元左右，学费在60—120万左右。
　　 大学院研究生课程作为大学的非正式课程，一般学费都要比正式课程便宜很多。国公立大学研究生半年学费一般为：178,200日元（学校不同，略有差别）；入学金84,600日元；入学检定金在9,800日元左右。

日本各类大学院各专业学费一览表：